住民税非課税者ですが、現在の標準報酬月額が53万円以上です。
この場合、高額療養費の自己負担の上限額区分は住民税非課税者として登録されますか？

限度額認定書の発行ルールと同様、標準報酬月額53万円以上の場合は
市区町村民税が非課税であっても課税扱いとみなします。
したがって高額療養費の自己負担上限額の区分は非課税者ではなく
標準報酬月額53万円以上の区分となります。